Un arbre Merkle compresse de nombreux éléments de données en un seul résumé appelé racine Merkle. Les nœuds feuilles stockent les hachages d'éléments de données individuels (par exemple, les transactions). Chaque nœud interne stocke un hachage calculé à partir de ses deux enfants (par exemple, hash(left || right)). La racine dépend de chaque feuille, donc tout changement dans une transaction modifie la racine Merkle.